U większości chorych napięciowe bóle głowy mogą być skutecznie łagodzone aspiryną, paracetamolem czy ibuprofenem. W przewlekłych stanach pomocne jest zażywanie leków przeciwdepresyjnych. Leczenie zapalenia zatok obejmuje podawanie antybiotyków i środków zmniejszających obrzęk śluzówki nosa.

W migrenie stosuje się leki z różnych grup. Jeżeli ataki występują częściej niż 3 razy w miesiącu, lekarz może zlecić profilaktyczne podawanie propranolol, leku z grupy beta-blokerów, który zmniejsza skurcz naczyń, lub werapamilu, leku z grupy blokerów kanału wapniowego. Jako uzupełnienie podaje się leki przeciwdepresyjne. Jeżeli migrena przebiega łagodnie, lekarz może zalecić ergotaminę, dostępną także w czopkach, z myślą o chorych, u których występują wymioty. Sumatriptan w postaci tabletek lub zastrzyków, podany w czasie ataku migreny, przynosi natychmiastową ulgę. Spraye donosowe z zawartością antyserotoninowo działającej dihydroergotaminy powodują szybkie obkurczenie naczyń, przez co zmniejszają obrzęk zapalny. Zażyta tuż po wystąpieniu ataku aspiryna również przynosi ulgę. Aby zwiększyć jej wchłanianie i nie dopuścić do wymiotów, można 10 minut wcześniej zażyć metoclopramid. Popularne analgetyki słabo działają w klasterowych bólach głowy. Stwierdzono natomiast, że skuteczne jest oddychanie czystym tlenem. Stosuje się także krótkie kursy steroidoterapii, metyser-gid, węglan litu, a u niektórych chorych także blokery kanału wapniowego, znane z pozytywnego działania w migrenie.